CT特种部队3是一款经典的GBA合金弹头类游戏，作为CT特种部队三部曲的最终章，它提供了两名可选角色和丰富的武器系统，战斗场面十分激烈。故事背景设定为一个基因研究领域的科学家团队被某个神秘组织绑架，玩家将扮演CT特种部队队员，肩负着营救科学家并捣毁该组织的任务。 游戏中，玩家大部分时间需要操纵特工，利用有限的武器与装备精良的敌人周旋。每一关都有特定的主线任务，如摧毁目标、排除炸弹等，同时还有可能遇到附加任务，完成这些任务可以获得特殊奖励。关卡中的敌人并非全部都要消灭，因此不必刻意追杀难以对付的敌人。游戏场景丰富多样，每个场景都有独特的敌人和要素。每小关开始时，玩家的武器和弹药都会重置，因此不必过于节省弹药，特别是每个场景特有的S级武器，应充分利用。
